הטיפול תלוי באופי הציסטה (דהיינו גודלה, המבנה שלה בבדיקת אולטרסאונד, והתסמינים שלהם היא גורמת). לעיתים ניתן להסתפק במעקב הכולל בדיקות אולטרסאונד עוקבות. הדבר נכון בעיקר לציסטות שפירות הנובעות מהפרעות בביוץ והנוטות להיעלם עם הזמן.
במקרים אחרים יש צורך בניתוח לכריתת הציסטה, או לכריתת שחלה (על פי רוב בנשים לאחר גיל המעבר). הניתוח המועדף נעשה בטכניקה לפרוסקופית, דהיינו ללא צורך בפתיחת בטן.
הטכניקה כוללת שימוש בסיב אופטי לצורך הסתכלות לחלל הבטן, וביצוע הניתוח דרך חתכים קטנים בדופן הבטן. טכניקה זאת כרוכה בהחלמה מהירה ביותר, אחוזי הצלחה מצויינים וסיכון נמוך.
